Le furet adulte dégage une odeur spécifique que d'aucuns jugent désagréable. N'oublions pas que les furets sont issus des "putois", ce qui signifie "puant" en vieux francais. Certes, un bain masque l'odeur, mais elle revient bien vite. Le mâle sent particuliérement fort, surtout à l'époque des amours.

L'odeur des mustélidés provient d'un sécrétion des glandes anales situées à la sortie des intestins. Le furet a besoin de cet organe pour masquer son territoire et pour communiquer aussi avec ses congénéres. Cette sécrétion aux forts relents joue un rôle important chez tous les mustélidés, au moment de la reproduction. De temps à autre, mais surtout à l'époque des amours, le furet la dépose sur le sol en se frottant le postérieur, et son pelage s'en trouve par là même imprégné.

Comme les mâles dégagent une odeur beaucoup plus puissante que les femelles, il est conseillé, dans un appartement, d'avoir une femelle. Les narines sensibles percevront évidement cette odeur, même celle plus discréte de la femelle, mais seulement lorqu'on est à son contact direct ou quand on la porte sur soi. Pour éviter les odeurs, il faur que la cage et le bac à litière du furet soient toujours propres. Les chiens et les chats ont aussi leur propre odeur, et, chez la femelle du furet, elle n'est pas plus forte, mais différente. Décider d'acquerir un furet comme animal familier est un choix personnel. Et si l'on ne supporte pas son odeur typique, mieux vaut opter pour des poissons rouges.

Dans des cas très rares, les glandes odorantes produisent leurs sécrétions par réaction de peur, qui peut être provoquée par un porte qui claque bruyamment ou par la chute d'un objet lourd. Se dégage alors une intense puanteur. On éloignera cette odeur locale qui ne dure pas en nettoyant la sécrétion répandue à l'eau et au savon. La meilleur manière de prévenir ce genre d'incident est encore de s'occuper intensément de son furet. Grâce à cela, il n'aura plus peur aussi facilement et il se familiarisera vite avec son environnement et ceux qui l'habitent. Quand les glandes anales s'activent chez la mouffette, un parent sauvage du furet, c'est un événement d'une autre gravité qu'on n'est pas près d'oublier : vétements et tapis ne sont alors plus bons qu'à être brûlés...

Dans certain pays il est encore courant de faire enlever ces glandes par le vétérinaire. Cette mesure, à elle seule, ne suffit cependant pas pour supprimer l'odeur chez le mâle : pour cela, il faut aussi le castrer vers l'àge de six mois. Signalons qu'en France ,qu'en Autriche et qu'en Allemagne, l'ablation des glandes anales est interdite par la loi, sauf indication médicale particulière. En effet, la suppression de ces glandes prive les mâles d'un instrument de communication important et, pour cette raison et parce qu'elles sont mutilantes, ces opérations y sont considérées comme de la cruauté envers les animaux.